1 ـ مکتب فلسفی مشاء: شیوه بحث در این مکتب فلسفی، تفکر برهانی و استدلال عقلی است، بدین جهت از آن به «حکمت بحثی» نیز تعبیر می کنند، چنان که «شیخ اشراق» در مقدمه حکمة الاشراق که طبقات فلاسفه را یادآور شده از این گروه به «حکیم بحّاث عدیم التألّه» یاد کرده است؛ یعنی حکیمانی که در شناخت جهان تنها از متد بحث عقلی بهره می‎گیرند و از روش «تألّه» (ذوق و شهود عرفانی) استفاده نمی‎کنند. چهره شاخص این مکتب فلسفی شیخ الرئیس ابن سینا است که او را رئیس فلاسفه مشاء لقب داده‎اند.

2 ـ مکتب فلسفی اشراق: در این مکتب فلسفی تنها به براهین عقلی استناد نمی‎شود، بلکه بهره‎گیری از شیوه ذوق وعرفان را، اهرمی لازم برای نیل به معرفت حقیقی و کامل می‎شناسد، سهروردی از آنان به «حکیم الهی متوغل فی التألّه و البحث» یاد کرده است. یعنی حکیمانی که از هر دو روش: تألّه و بهره گیری از شهود عرفانی، و بحث و تفکر برهانی بهره می گیرند. حکیم سبزواری نیز پس از اشاره به دو گروه مشائیّان و عرفا دربارة طریقه اشراقیها می‎گوید: آنان میان دو طریقه پیشین جمع کرده اند و بدین جهت به اشراقیون معروف می باشند که از عالم غرور، دل برکنده و از گفتار ناصواب اجتناب نموده اند و در نتیجه «مستشرق» به عالم نور گردیده، و عنایات الهی شامل حال آنان شده و از اشراق قلب و شرح صدر برخوردار می باشند.

بنابراین، امتیاز طریقه اشراقی بر طریقه مشائی این است که در طریقه اشراقی علاوه بر بهره گیری از برهان عقل، از روش عرفان و راه دل و شهود باطنی نیز استفاده می‏شود و در نتیجه فیلسوف به حقایقی عالیتر از آنچه تفکر منطقی بدان می رسد نایل می گردد. در این جا مناسب است کلام شیخ اشراق را (که مبتکر این طریقه در جهان اسلام است) در آغاز حکمة الاشراق، یادآور شویم. او می گوید:

«من قبل از نگارش این کتاب، کتابهایی را بر اساس طریقه مشائیان تألیف نموده، و قواعد فلسفی آنان را بیان نمودم که از آن جمله کتاب «تلویحات» می باشد، ولی این کتاب (حکمة الاشراق) سبک و سیاق دیگری دارد. و بر طریقه‎ای نزدیکتر از طریقه مشائی استوار شده است، در این روش مطالب در آغاز از طریق فکر به دست نمی‏آید، بلکه از طریق ریاضتها و مجاهدات باطنی حاصل می‏شود، آنگاه به آن اقامه برهان می‏گردد» (علم حضوری به علم حصولی تبدیل شده و قابل انتقال به دیگران می‏گردد).

ابتکار دیگری که شیخ اشراق در بحثهای فلسفی به کار گرفته است بهره گیری از مفاهیم دینی و معارف قرآنی در تبیین معرفتهای عقلی و فلسفی می‏باشد، چنان که در کتاب «الألواح العمادیة» می‎گوید: در این کتاب بخشهایی از لطایف و  غرایب معرفت را آورده ام و بر پایه مبانی عقلی، بر آنها اقامة برهان نموده، و سپس از آیات قرآن بر آنها استشهاد کرده‏ام. و در مباحث مربوط به نفس و مبدأ و معاد در کتاب یاد شده به آیات بسیاری از قرآن استشهاد شده است.

بنابراین، طریقه بحث در فلسفه اشراقی مبنی بر سه پایه است:

1)تزکیه نفس و تصفیه باطنی و تحصیل معرفت شهودی.

2) تفکر و استدلال عقلانی و تحصیل معرفت برهانی.

3)استشهاد به آیات و روایا ت و تحکیم معرفت ایمانی.

و به عبارت دیگر: در این مکتب فلسفی، برهان و عرفان و قرآن (وحی) به یاری یکدیگر آمده و در طریق معرفت هماهنگ می‏باشند.

3. حکمت متعالیه: منهج بحث در حکمت متعالیه صدرایی با شیوه بحث در فلسفه اشراقی تفاوت جوهری ندارد؛ زیرا صدر المتألهین نیز ـ که مبتکر روش حکمت متعالیه است ـ نیز روش برهان وعرفان را با هم به کار گرفته و در موارد مختلف به آیات و روایات نیز استشهاد نموده است. به عبارت دیگر: هماهنگی برهان و عرفان و قرآن با حکمت برهانی و عرفانی و قرآنی را اثبات نموده است. آری حکمت متعالیه از دو نظر بر طریقه اشراقی برتری دارد:

یکی این که صدر المتألهین راهی را که شیخ اشراق آغاز نمود تکمیل کرد، و در اثبات هماهنگی و تطابق عقل و شرع در معارف الهی سعی بیشتری نمود و توفیق بیشتری به دست آورد، چنان که از مراجعه به کتب فلسفی، و تفسیری او به دست می آید.

نکته دیگر این که: وی اصولی را در فلسفه تأسیس کرد، که در فلسفه شیخ اشراق وجود نداشت و از این طریق فلسفه او امتیاز بیشتری یافت مانند «اصالت وجود»، «تشکیک در حقیقت وجود»، «حرکت جوهری»، «اتحاد عاقل و معقول» و بحثهای مهم دیگر؛ و چنان که می دانیم اصول مزبور در تبیین و تحکیم معارف الهی نقش مؤثر دارد و بر پایه آنها بسیاری از معضلات فلسفی حل می‎گردد.