هر فردي که در پي شناخت اشيا باشد ، از آن دو چيز مى‏فهمد، يکى هستى آن واقعيت و شى‏ء و ديگرى  چيستى آن واقعيت و شى‏ء که در اصطلاح به هستى، وجود و به چيستى ماهيت گويند. مثلاً وقتى که به يک انسانى برمى‏خوريم، از  آن دو چيز مى‏فهميم. يکى چيستى و ماهيت انسانى او ديگرى به هستى او و وجود. بنابر اين همه‏ى واقعيات امکانى دور و بر ما  داراى دوجهت وجودى و ماهوى هستند. حال سؤالى به ذهن خطور مى‏کند که آيا جهت وجودى متن تک تک اين واقعيّات را پر  کرده و ماهيت از آن انتزاع مى‏شود و يا اين که نه، جهت ماهوى متن تک‏تک اين واقعيات را پر کرده و وجود از آن انتزاع مى‏شود. به  تعبيرى آيا وجود اصيل است و ماهيت اعتبارى؟ يا ماهيت اصيل است و وجود اعتبارى؟ پاسخ با توجه به براهين متعدد بر اصالت  وجود است، نه اصالت ماهيت. ما يکى از مهم‏ترين و در عين حال ساده‏ترين برهان اصالت وجود را در اينجا متذکر مى‏شويم:

  هرگاه به ماهيت اشياء توجه کنيم، درخواهيم يافت که ماهيت فى حد نفسها به خودى خود، وجودى را براى خويشتن خويش  اقتضاء نمى‏کند و در ذات خود وجودى نهفته ندارد. هم چنان که اقتضاى عدم خويش را ندارد و به تعبيرى فنّى از ماهيت «من حيث  هى هى ليست الاّ هى لاموجوده و لامعدومه» و هنگامى لباس واقعيت در آن ديده مى‏شود که از ناحيه علّتى چون خدا به او وجود  داده شود. پس ماهيت فى حد نفسه واقعيت پيدا نمى‏کند و بلکه با وجود، واقعيت‏دار مى‏شود. پس ماهيت نمى‏تواند متن واقع را پر  کرده باشد و اصيل باشد. بنابر اين چون ماهيت نفس واقعيت نيست و به برکت وجود واقعيت‏دار مى‏شود، پس وجود به واقعيّت  بودن سزاوارتر است و تنها خودش متن واقع را پر کرده و اصيل مى‏باشد و البته در اين فضا اشکالات مختلفى طرح مى‏شود که از  ناحيه اصالت ماهويها عنوان شده و با زبان محکم و شيرين صدرالمتألهين و اصالت وجودى‏ها پاسخ داده شد که چون در اين گفتمان  گروه‏ها اصطلاحات فنى به کار مى‏رود از بيان اين اشکالات معذورم.

طبق نظر ملاصدرا تمام حرکات عرضيه، معلول حرکات طبايع و جواهر خويش است تا زمانى که جوهر يک شى درحرکت نباشد اعراض آن ممکن نيست حرکت کند. اين حرکت همچنان که در طبيعت جريان دارد در انسان نيز موجوداست. اين حرکت در طبيعت مادى بدن در جريان است بدين صورت که جواهر مادى  انسان با حرکات عرضى آن درحرکت است. اين تکامل و حرکت طبيعى بدن خارج از اختيار انسان مى‏باشد مثل قواى هاضمه، قلب، عروق... که اصطلاحا از آن به حرکات قسرى ياد مى‏شود. البته ايشان مبدأ حرکات طبيعى بدن را نفس انسانى مى‏داند که بحثى جدا دارد.

    اما حرکت ديگر انسان که مربوط به کمالات نفسانى است کاملاً در اختيار او قرار دارد که حرکت جوهرى نفس ناميده مى‏شود.

    نفس انسانى به سبب قواى عقل نظرى در حيطه تفکر و عقل عملى در حيطه عمل تکامل جوهرى پيدا مى‏کند.بدين صورت که هر آنچه مى‏انديشد و بدان ملتزم مى‏شود و عقيده‏اى که بدان ايمان دارد طبق نظر ملاصدرا در جوهرنفس انسان تغيير حاصل مى‏شود و هکذا در انديشه‏اى که موج صدور عمل از او مى‏شود و فعلى را که به سبب اعتقادى انجام مى‏دهد باز جوهر نفس انسانى است که در آن تغيير و تحول رخ مى‏دهد و حرکتى از او به سوى مرحله‏اى جديد انجام مى‏شود که از آن به تکامل نفس و حرکت جوهرى نفس ياد مى‏شود، پس حرکت جوهرى نفس به اختيار خود انسان است بلکه مى‏توان گفت اختيار انسان حرکت نفس را جهت مى‏دهد يا او را در راه سعادت و يا در مسير شقاوت مى‏داند و در هر دو حال نفس انسان وارد مرحله جديدى شده و از قوه به فعليتى جديد رسيده و تکاملىکسب کرده، حال اين تکامل يا به سوى سعادت او ختم مى‏شود يا موجب شقاوت او مى‏گردد. لذا ملاصدرا در توجيه تنزل نفس به مراحل پست در عين اين که او متوجه کمالات عالى است مى‏گويد: انتقال نفس به وجه نزول منافاتى باتوجه نفس به کمالات مافوق ندارد چون که خروج از قوه به فعل در شيئى از کمالات حيوانى نه تنها منافى شقاوت اخروى نيست بلکه مؤکد او نيز قرار مى‏گيرد، چرا که طرق آخرت متفاوت است يک راه طريق سعادت و رسيدن به نشئه کرامت و قرب به خدا است و راه ديگر طريق شقاوت و رسيدن به نشئه انتقام و دورى از رضوان خدا است»،(اسرارالايات، ص 149).